Es ist ganz einfach todo con procedure php hacerlo, en configs mete toda tus funktionen a rehusar (basicamente seria tu lib de codigo) y conex a bdd, etc.

Y cada archivo funciona a la antiguita con php puro

Lo único que haces, es mutilar el template en header, head, menu (si es que el template lo permite en solo un menu y no hay versión movil) y footer (aqui cargas js que a lo mejor no siempre uses en todas las paginas o le metes condicionales). Y todos los archivos del template se quedan en assets (recuerda cambiar ../ a ./ en el template si hace falta...).

Si neesitas carpetas extras como librerias, multimedia o lo que sea no afecta el código y lo jalas o usas directamente desde php de cada archivo.